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Documentación obligatoria que debo conservar en mi clínica

Por Jennifer Martín Arranz @ 26/09/2025

Legalidad
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documentación obligatoria conservar clínica

Facturas, historias clínicas, consentimientos, ¿debes tenerlo guardado aunque el paciente hace meses que haya terminado el tratamiento? ¡Bienvenido al mundo de la documentación clínica, fiscal y legal!

Cada uno de los documentos que creas en el día a día de la gestión de tu centro necesita unos tiempos y formatos en los que debes conservarlos, todo ello, por supuesto, según lo que se establece en el marco legal.

¿Por qué es fundamental conservar correctamente la documentación de tu clínica?

Conservar la documentación no es solo una recomendación, es una obligación legal recogida en diversas normativas españolas, por lo que hay que tomárselo con seriedad. Desde la Ley 41/2002 de Autonomía del Paciente hasta el Reglamento General de Protección de Datos (RGPD) y su adaptación en la LOPDGDD (Ley Orgánica 3/2018), pasando por la Ley General Tributaria.

No es ninguna tontería y es que conservar bien esta información protege a tu centro en caso de:

- Inspección sanitaria. No te pierdas este artículo en donde hablamos sobre qué hacer si un inspector de Hacienda se presenta por sorpresa en tu clínica.

- Reclamaciones de pacientes.

- Auditorías fiscales.

- Revisión de Protección de Datos.

Tipos de documentación obligatoria en clínicas de salud.

Trabajas con muchos datos e información en tu día a día, bien sea por contabilidad o datos sensibles sobre los pacientes y sus tratamientos. Cada uno de ellos, dependiendo del tipo que sea, tiene unos plazos y va regido por una normativa diferente.

1. Documentación clínica del paciente.

- Historia clínica. ¿Puede pedirme un paciente una copia de su historia clínica? Por si en alguna ocasión te has hecho esta pregunta, en Archivex hemos preparado una respuesta muy completita.

- Informes de derivación.

- Consentimientos informados firmados.

- Resultados de pruebas diagnósticas.

- Informes de alta o evolución.

En este caso es la Ley 41/2002 la que marca los plazos en los que debes conservar en tu clínica esta documentación: al menos 5 años desde la fecha de alta del último proceso asistencial.

Aunque, como siempre, en Archivex nos gusta que todo vaya como la seda, por eso es necesario que sepas que muchos expertos legales sugieren conservar la historia clínica al menos 15 años, para cubrir posibles responsabilidades civiles (que en muchos casos prescriben en ese plazo, según el Código Civil).

2. Documentación fiscal y contable.

- Facturas emitidas y recibidas

- Justificantes de pagos y cobros

- Contratos con proveedores

- Libros contables

- Declaraciones fiscales

Según la Ley General Tributaria, esta documentación debe conservarse durante un mínimo de 4 años, por si Hacienda decide realizar una comprobación.

Según el Código de Comercio, es recomendable un plazo de 6 años para conservar libros, correspondencia y justificantes.

3. Documentación legal y de protección de datos.

- Contratos con encargados del tratamiento (por ejemplo, con el software de gestión clínica)

- Registro de actividades de tratamiento.

- Acuerdos de confidencialidad firmados por empleados y colaboradores.

- Medidas técnicas y organizativas implementadas para proteger los datos personales.

- Consentimientos para fines de marketing o grabación de llamadas/videos.

Según el RGPD y la LOPDGDD, esta documentación debe conservarse mientras dure el tratamiento y durante los plazos necesarios para hacer frente a posibles reclamaciones legales, vamos, para cubrirte las espaldas en caso de que algo malo pase. Este tiempo suele ser de 5 años tras la última cita del paciente.

Para que no te entren dudas, puedes consultar el artículo en el que resolvemos la cuestión de si es obligatorio que tus pacientes firmen la protección de datos en tu clínica.

¿Qué pasa con las historias clínicas digitalizadas? ¿Valen igual que en papel?

Te lo aclararemos rapidito: Sí. Siempre y cuando se garantice la autenticidad, integridad, conservación, accesibilidad, trazabilidad y seguridad del documento, por supuesto puedes guardarla en formato digital.

¡Hablemos claro! Para que nos entendamos, no vale cualquier forma de guardar este tipo de documentación de forma digital, ni cualquier almacenamiento en la nube. Tienes que tenerlos en un entorno seguro y fiable, que te garantice que no van a desaparecer en cualquier momento.

Requisitos para que el formato digital sea válido:

- Usar un formato duradero (como PDF/A)

- Firmas electrónicas reconocidas (en consentimientos informados, por ejemplo). ¡Muy importante tener todos los documentos firmados de forma digital por el paciente o tutores! En este último caso, es fundamental que conozcas cómo registrar la información de menores de edad en tu clínica.

- Registro de acceso y modificaciones (trazabilidad): Debe quedar reflejado qué profesional ha hecho cualquier cambio en el documento.

- Almacenamiento en servidores seguros y conforme al RGPD (idealmente dentro de la UE)

En resumidas cuentas, si utilizas Archivex como software de gestión clínica, ¡no tienes de qué preocuparte!

Tiempos de conservación obligatoria según el tipo de documento.

Tipo de documento Tiempo mínimo obligatorio Recomendación práctica
Historia clínica 5 años (Ley 41/2002) 15 años
Consentimientos informados 5 años mínimo 15 años
Facturación y documentos contables 4 años (Ley Tributaria) 6 años (Código de Comercio)
Contratos con proveedores 5 años (Código Civil) 6 años
Contratos laborales y nóminas 4-6 años 6 años
Registro de actividades de tratamiento Mientras exista tratamiento +5 años tras finalización
Acuerdos de confidencialidad Mientras dure la relación +5 años

¿Y si no cumplo con estas obligaciones?

Ahora viene la parte que menos nos gusta. Aunque sabemos que eres de cuidar los datos de tus pacientes y los de tu clínica, es necesario hablar de qué pasaría en caso de que incumplieses algún pequeño detalle.

Las sanciones por incumplir la normativa de conservación documental pueden ir desde inspecciones desfavorables hasta multas económicas considerables:

- La AEPD (Agencia Española de Protección de Datos) establece multas de hasta 20.000 € para autónomos o pymes por no proteger adecuadamente los datos personales. ¡La protección de datos siempre firmada desde la primera consulta!

- Inspecciones de Sanidad: Pueden imponer sanciones por no conservar la historia clínica o no disponer de consentimientos informados actualizados.

- Hacienda: Puede solicitar justificantes fiscales hasta 4 años atrás. Si no los tienes, puedes verte obligado a pagar sanciones por deducciones o declaraciones no justificadas.

Cómo evitar meterte en líos por no guardar los documentos en tu clínica.

Usa un software de gestión con garantías legales, como Archivex.

Evita almacenar documentos en carpetas sueltas, discos duros o plataformas no reguladas. Lo ideal es contar con un sistema que:

- Genere y almacene documentos legalmente válidos.

- Permita firmar consentimientos informados digitalmente.

- Te ayude a cumplir con el RGPD.

- Incluya copias de seguridad automáticas.

- Limite el acceso según el rol de cada usuario.

Revisa tus consentimientos informados.

Deben estar actualizados y adaptados al tipo de tratamiento. Asegúrate de incluir los de:

- Tratamientos sanitarios.

- Cesión de imágenes (si haces fotos del “antes y después”).

- Uso de datos con fines estadísticos o de marketing.

Estar al día no solo evita sanciones, también transmite confianza.

Todo este jaleo de los documentos puede parecer un tema aburrido, pero es una pieza clave en la imagen y funcionamiento de tu clínica. Cuando un paciente ve que todo está en orden, se siente más seguro, y eso genera esa sensación de confianza que tanto buscas.

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